组蛋白翻译后修饰无标定量方法可靠性的比较

色谱 , 2016, 34(9): 825-830. doi: 10.3724/SP.J.1123.2016.04040

组蛋白翻译后修饰无标定量方法可靠性的比较

1.中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海201203;中国科学院大学,北京100049

2.中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海201203;中国科学院大学,北京100049

3.中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海201203;上海市化学品分析、风险评估与控制重点实验室,上海200092

4.中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海201203;中国科学院大学,北京100049

基金项目: the Natural Science Foundation of China(31370814) 上海市科学技术委员会项目(14DZ2261100) 国家自然科学基金项目(31370814)Foundation of Shanghai Science and Technology Commission(14DZ2261100)

关键词：组蛋白翻译后修饰 , 无标定量 , 可靠性

Comparison of reliabilities of mass spectrometry-based label-free quantitation methods for histone posttranslational modification analysis

Keywords： histone post-translational modification , label-free quantitation , reliability

组蛋白翻译后修饰是一种表观遗传学修饰,参与调控细胞的新陈代谢等重要生理过程.蛋白质组学发展迅速,使监控组蛋白翻译后修饰的动态变化成为可能.目前主要有3种无标定量方法(谱图计数法、峰面积积分法和信号强度法),但何种定量方法更可靠尚未见系统性的详细报道.在稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC)基础上,对去乙酰化酶抑制剂(SAHA)调控细胞乙酰化修饰水平的定量数据进行对比,比较3种无标定量方法对组蛋白翻译后修饰进行的定量分析,利用定量结果的标准差(SD)评估定量的可靠性,最终发现基于峰面积积分法定量的结果可靠性最高.该研究对难以进行同位素标记实验的样本分析,尤其对临床样本、大样本的组蛋白修饰谱分析具有重要参考意义.

参考文献

[1]	Bantscheff, M.;Lemeer, S.;Savitski, M.M.;Kuster, B..Quantitative mass spectrometry in proteomics: Critical review update from 2007 to the present[J].Analytical and bioanalytical chemistry,20124(4):939-965.

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