刘志伟
,
朱明睿
,
翟琳辉
,
谭敏佳
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.04040
组蛋白翻译后修饰是一种表观遗传学修饰,参与调控细胞的新陈代谢等重要生理过程.蛋白质组学发展迅速,使监控组蛋白翻译后修饰的动态变化成为可能.目前主要有3种无标定量方法(谱图计数法、峰面积积分法和信号强度法),但何种定量方法更可靠尚未见系统性的详细报道.在稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC)基础上,对去乙酰化酶抑制剂(SAHA)调控细胞乙酰化修饰水平的定量数据进行对比,比较3种无标定量方法对组蛋白翻译后修饰进行的定量分析,利用定量结果的标准差(SD)评估定量的可靠性,最终发现基于峰面积积分法定量的结果可靠性最高.该研究对难以进行同位素标记实验的样本分析,尤其对临床样本、大样本的组蛋白修饰谱分析具有重要参考意义.
关键词:
组蛋白翻译后修饰
,
无标定量
,
可靠性
许静静
,
刘幸
,
周虎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.08047
蛋白质翻译后修饰(PTMs)是调节细胞内生理活动的重要途径.该文总结了近年来PTMs蛋白质组学相关的分离方法,包括反相(RP)色谱法、离子交换(IEX)色谱法、亲水相互作用色谱(HILIC)法、多孔石墨化碳(PGC)色谱法、毛细管电泳(CE)法及分子筛色谱(SEC)法等.这些新方法为磷酸化、乙酰化、糖基化等PTM肽段或蛋白质的鉴定提供了更高的分离度和灵敏度.此外,该文也介绍了蛋白质领域其他重要分离方法的研究进展,这些方法可能被进一步应用于PTMs蛋白质组学的研究中.
关键词:
翻译后修饰
,
蛋白质组学
,
反相色谱
,
离子交换色谱
,
亲水相互作用色谱
,
多孔石墨化碳色谱
,
毛细管电泳
肖开捷
,
田志新
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.09012
由于大量可能蛋白质变体以及每一个翻译后修饰大量可能位点的存在,核心组蛋白上密集的组合式翻译后修饰的自上而下表征一直是一个巨大的分析挑战.结合高分辨串级质谱,基于同位素质荷比和轮廓指纹比对的整体蛋白质数据库搜索引擎ProteinGoggle 2.0在组蛋白翻译后修饰的自上而下鉴定方面拥有诸多独特的优势.该文报道ProteinGoggle 2.0对HeLa核心组蛋白H4的数据库搜索及蛋白质变体的鉴定结果.基于从UniProt网站下载的人类核心组蛋白H4的纯文本文件和“鸟枪法”注释,ProteinGoggle 2.0首先创建包含所有可能蛋白质变体的理论数据库;从纯文本文件中提取的信息主要是氨基酸序列、可能的翻译后修饰(单甲基化、二甲基化、三甲基化、乙酰化和磷酸化)及氨基酸变异(A77→P).在控制质谱水平假阳性率低于1％的前提下,共鉴定到426个蛋白质变体,这是目前为止H4蛋白质变体的最全报道.这些ProteinGoggle 2.0鉴定到的H4蛋白质变体也与之前报道的ProSightPC 2.0的鉴定结果进行了肩并肩比较.总而言之,ProteinGoggle 2.0可以对具有复杂组合修饰及氨基酸变异的蛋白质组进行数据库搜索和蛋白质变体鉴定.
关键词:
ProteinGoggle 2.0
,
自上而下
,
组蛋白H4
,
蛋白质变体
王科云
,
叶明亮
,
邹汉法
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.08023
蛋白质的甲基化修饰是一类重要的翻译后修饰.但与磷酸化、糖基化和泛素化等翻译后修饰相比,甲基化修饰的蛋白质组学分析方法开发还是一个较新的研究领域.近几年,由于甲基化修饰在表观遗传调控中的重要作用,这一修饰类型得到了越来越多的关注,相关的分析技术和分析方法也取得了较多进展.其中,基于质谱的蛋白质组学分析方法在甲基化修饰中发挥着关键的作用,实现了这一甲基化修饰的高通量分析.该综述将从甲基化修饰的分离富集、假阳性率控制以及定量蛋白质组学等方面对一些蛋白质甲基化修饰的分析技术和方法的最新进展进行介绍.
关键词:
蛋白质甲基化修饰
,
选择性富集
,
可信度控制
,
定量蛋白组学
,
综述
张养军
,
张万军
,
马岩
,
彭博
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2009.05.004
蛋白质组学研究的核心技术之一是分离分析方法.该综述重点评述了分离分析技术在蛋白质组学研究,即在蛋白质组表达谱构建、翻译后修饰蛋白质组研究、蛋白质复合体和相互作用研究、蛋白质组定量研究中应用的新进展,介绍了各种分离分析方法的优点、应用范围和有待解决的问题.引用文献89篇.
关键词:
蛋白质组学
,
分离技术
,
质谱
,
定量技术
,
蛋白质相互作用
