卢庄
,
王京兰
,
贾伟
,
杨兵
,
蔡耘
,
邓玉林
,
张玉奎
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2009.01.003
蛋白质的糖基化是最重要的翻译后修饰之一,与蛋白质结构和功能的关系密切.凝集素亲和色谱是蛋白质糖基化研究中很常用的工具,不同的凝集素可以对不同的单糖或寡糖有特异的富集作用.麦胚凝集素(WGA)由于其特异作用的糖型广泛存在而成为使用最多的凝集素之一.在本研究中,发现将WGA用于糖肽亲和富集会导致部分肽段的降解,从而导致后续的肽段序列分析的失败.本文用4种标准蛋白质对这种现象进行了验证,结果表明肽段的降解可以发生在多个位点,其中较多地发生在酪氨酸、苯丙氨酸及亮氨酸的羧基端.这一结果提示:在糖蛋白质组研究中,如果应用WGA富集糖肽并采用质谱进行鉴定,则采用半酶切或非特异性酶切的检索策略更为合适.
关键词:
麦胚凝集素亲和色谱
,
糖肽
,
肽键
,
断裂
,
蛋白质组学
迟明
,
毕炜
,
卢庄
,
宋丽娜
,
贾伟
,
张养军
,
钱小红
,
蔡耘
色谱
二氧化钛富集法作为目前使用最为广泛的金属氧化物富集磷酸肽的方法,在富集过程中常常对富含天冬氨酸和谷氨酸的酸性非磷酸化肽段存在一定的非特异性吸附作用.这些肽段与磷酸化肽段一同被富集,降低了磷酸肽富集的选择性.传统方法中使用的非特异性吸附抑制剂常会对质谱的电喷雾离子源造成污染,因而限制了其在液相色谱-质谱联用(LC-MS)系统中的应用.本研究将天冬氨酸作为一种新型的非特异性吸附抑制剂加入到二氧化钛富集体系中,并分别对3种和9种标准蛋白质酶切肽段混合物进行富集实验,同时与添加另一种非特异性吸附抑制剂--谷氨酸以及不添加任何非特异性吸附抑制剂的富集体系进行了富集效果的比较.结果表明,天冬氨酸可以有效地提高二氧化钛对磷酸肽富集的选择性.将添加天冬氨酸的二氧化钛富集体系应用于鼠肝全蛋白质磷酸肽的富集中,同样取得了很好的效果,表明天冬氨酸在复杂的生物样本的磷酸肽富集中也同样具有良好的应用前景.此外,由于天冬氨酸在反相色谱中极易被洗脱去除,从而避免了传统抑制剂对LC-MS系统离子源的污染问题.
关键词:
二氧化钛
,
富集
,
非特异性吸附抑制剂
,
天冬氨酸
,
磷酸肽
,
鼠肝
隋少卉
,
王京兰
,
卢庄
,
蔡耘
,
张养军
,
蔚文峰
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2008.02.012
为了在短时间内获得相对含量高的磷酸化肽段,以标准磷酸化蛋白质为模型对强阳离子交换色谱(SCX)分离磷酸化肽段体系的缓冲溶液和梯度设置进行了研究,并用酵母酶切肽段混合物考察了该路线在较复杂的样品中的应用.实验结果表明优化后的体系能够在30 min内分离出磷酸肽段,而且非磷酸化肽段的干扰很少,这样便相对提高了磷酸化肽段在质谱仪中的响应强度,重要的是该体系可以对复杂样品进行很好的分离.这说明SCX用于规模化磷酸化肽段富集的策略是可行的.本研究为磷酸化蛋白质组学规模化分析提供了实用技术.
关键词:
磷酸化
,
位点
,
强阳离子交换色谱
,
富集
,
蛋白质组学
时照梅
,
范超
,
黄俊杰
,
白海红
,
秦伟捷
,
蔡耘
,
钱小红
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2014.09037
生物体内蛋白质的糖基化修饰调控着细胞识别、细胞黏附和迁移以及免疫应答等多种生理过程,并与多种人类重大疾病的发生、发展密切相关.因此对蛋白质糖基化修饰的鉴定,不仅能够为生物学机理研究提供重要信息,对疾病诊断标志物和治疗靶标的发现也至关重要.然而在复杂生物体系中,大多数糖蛋白为低丰度蛋白质,其含量与现有质谱仪器的检测灵敏度之间存在较大差距,所以对含有不同糖型结构的糖蛋白进行全面/高效的富集,是实现高灵敏度糖蛋白鉴定的必由之路.凝集素富集作为一种有效的糖蛋白富集方法,已在糖蛋白质组学研究中得到了广泛的应用.针对现有凝集素功能化材料存在负载量偏低以及富集效率有限等问题,我们制备了两种以氧化石墨烯(GO)为载体的新型固定化凝集素,利用GO比表面积大,功能基团含量高,分散性、化学稳定性好等特点,实现了高负载量的凝集素固定(GO-ConA 2.073 mg/mg,RSD=1.0％;GO-WGA 1.908 mg/mg,RSD=0.14％).同时考察了材料的可重复使用性与稳定性:每隔3天测一次同一GO-lectin材料对对应糖蛋白的富集效果,可以看出材料合成两周内富集效果都＞200 μg/mg.将该GO-lectin成功应用于糖蛋白、糖肽的选择性富集,在糖蛋白质组学研究中体现出良好的应用潜力.
关键词:
凝集素
,
氧化石墨烯
,
富集
,
糖蛋白
,
糖肽
张养军
,
王京兰
,
李蕾
,
应万涛
,
蔡耘
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2004.01.006
在蛋白质组学研究中,多肽混合物的有效分离对蛋白质鉴定和蛋白质之间相互作用的研究起着决定性的影响.基于此,用反相液相色谱研究了在两个不同长度的色谱柱上分离多肽混合物时色谱柱长度与峰容量的关系,同时考察了梯度洗脱时间对峰容量和峰宽的影响.实验结果表明,色谱柱长度对峰容量有显著的影响,而延长梯度洗脱时间不仅可以增加峰容量,而且可以增加峰宽.这说明用毛细管液相色谱-串联质谱联用方法对多肽混合物进行分离鉴定时,采用较长的色谱柱和较长的梯度洗脱时间有利于对更多的多肽进行分析鉴定.
关键词:
反相液相色谱
,
色谱柱长度
,
峰容量
,
多肽
,
蛋白质组学
孟庆芳
,
张养军
,
王京兰
,
蔡耘
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2005.01.006
继人类基因组计划完成之后,作为一种新的研究策略,蛋白质组学在生命科学研究中发挥着愈来愈重要的作用.由于生物体系的复杂性和多样性,使得分离效率高、灵敏度高、通量高和动态范围宽的分离分析技术平台的研究和应用已成为蛋白质组学研究的重点和热点之一.着重介绍了近年来应用日益广泛的多维色谱预分离、毛细管液相色谱-质谱联用、毛细管电泳及其与质谱联用等高效分离分析技术在复杂生物体系的蛋白质分析中的最新进展.引用相关文献40篇.
关键词:
蛋白质组学
,
多维色谱
,
毛细管液相色谱-质谱
,
毛细管电泳-质谱
,
复杂生物体系
郑兆彬
,
应万涛
,
蔡耘
,
田中民
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2007.06.003
复杂肽段混合物的有效分离是高覆盖率地鉴定蛋白质混合物的前提.Shotgun蛋白质组学研究通常采用二维液相色谱(强阳离子交换色谱-反相色谱)分离后接串联质谱检测的方法.但由于离子交换色谱体系中含有高浓度的盐,使得在线分析的难度较大;而在离线分析时,也常因需要对高盐组分进行脱盐处理而易引起样品损失.因此,该文尝试用pH梯度替代盐梯度,实现pH梯度-强阳离子交换色谱方法应用于复杂肽段混合物的分离.通过对缓冲体系pH值的计算,优化了乙酸-乙酸铵体系线性pH梯度配合盐梯度的离子交换色谱方法,以及柠檬酸-氨水体系线性pH梯度的离子交换色谱方法.将这两种方法应用于牛血清白蛋白酶切产物的分离取得了与常规强阳离子交换色谱相似的分离效果.乙酸-乙酸铵体系采用的是低浓度的可挥发性铵盐,采用真空冻干的方法可以有效除盐,基质辅助激光解吸质谱靶上自然挥发也可以达到较好的脱盐效果,简化了常规方法繁琐费时的脱盐步骤及避免了由此造成的样品损失.柠檬酸-氨水体系采用pH梯度洗脱替代盐梯度洗脱,大大降低了体系中的盐浓度.这两种方法在复杂体系蛋白质组研究的样本预分离中具有较好的应用前景.
关键词:
离子交换色谱
,
缓冲体系
,
pH梯度
,
肽段分离
米薇
,
王晶
,
应万涛
,
贾伟
,
蔡耘
,
钱小红
色谱
多维色谱分离、串联质谱分析技术已在蛋白质组研究中得到广泛应用.然而生物样品的蛋白质以及全酶切肽段具有高度的复杂性,这严重干扰了蛋白质高通量、规模化的分析.通过标签肽段富集进行样品预分离可以降低体系的复杂程度.本文建立了一种基于共价色谱技术选择性分离富集含半胱氨酸肽的方法,从而降低了样品体系的复杂程度.首先以牛血清白蛋白(BSA)的酶切肽段为模型,对富集条件进行了优化和考察,并在此基础上通过5种蛋白质酶切肽段混合物的富集对该方法进行了验证.结果证明此方法的重现性好,富集效率高,富集特异性好,能有效地富集鉴定含半胱氨酸肽段.所建立的方法在复杂体系的蛋白质组研究中具有广泛的应用前景,为复杂样品的蛋白质高通量、自动化、规模化鉴定和定量研究提供了实用技术.
关键词:
共价色谱
,
液相色谱-串联质谱
,
含半胱氨酸肽
,
富集
,
蛋白质组
