邵晨
,
高友鹤
色谱
液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法.保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中.在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提高鉴定的可信度.鉴定的灵敏度也可以通过匹配多次LC-MS实验中具有相同精确质量数和保留时间的峰而提高.另一方面,由于色谱条件的微小改变即会引起保留时间的变化,因此对多次实验结果进行保留时间比对是进行非标记定量的不可或缺的步骤.另外,联合保留时间偏移和质量数信息还可以进行蛋白质翻译后修饰(post-translational modification,PTM)的鉴定.
关键词:
液相色谱-串联质谱
,
保留时间预测
,
保留时间比对
,
多肽鉴定
,
非标记定量
,
翻译后修饰
,
蛋白质组学
许静静
,
刘幸
,
周虎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.08047
蛋白质翻译后修饰(PTMs)是调节细胞内生理活动的重要途径.该文总结了近年来PTMs蛋白质组学相关的分离方法,包括反相(RP)色谱法、离子交换(IEX)色谱法、亲水相互作用色谱(HILIC)法、多孔石墨化碳(PGC)色谱法、毛细管电泳(CE)法及分子筛色谱(SEC)法等.这些新方法为磷酸化、乙酰化、糖基化等PTM肽段或蛋白质的鉴定提供了更高的分离度和灵敏度.此外,该文也介绍了蛋白质领域其他重要分离方法的研究进展,这些方法可能被进一步应用于PTMs蛋白质组学的研究中.
关键词:
翻译后修饰
,
蛋白质组学
,
反相色谱
,
离子交换色谱
,
亲水相互作用色谱
,
多孔石墨化碳色谱
,
毛细管电泳
吕晓迎
,
瞿颖华
,
杨雅敏
,
黄炎
功能材料
应用蛋白质组学结合生物信息学方法研究纳米金与人皮肤成纤维细胞(HDF-f )的作用机理.首先采用柠檬酸钠还原氛金酸法制备20nm的纳米金,然后应用MTT法和流式细胞术评价纳米金的细胞毒性及对细胞周期和细胞凋亡的影响.接着应用蛋白质组学技术和生物信息学方法筛选纳米金作用后细胞发生差异表达的蛋白质并进行基因本体论分析.MTT实验结果表明,浓度为200μmo1/L,粒径为20nm的纳米金与HDF-f作用1,4,8h后均未产生细胞毒性,流式细胞仪结果显示纳米金作用后S期细胞增加而G2/M期细胞减少.对蛋白质组学实验筛选出的29个功能蛋白质进行的基因本体论分析表明,纳米金可能会影响细胞RNA转录过程及能量代谢调节,诱导细胞产生免疫响应,进而对细胞的生理过程产生影响.
关键词:
纳米金
,
蛋白质组学
,
生物信息学
,
GO分析
,
分子生物相容性
张养军
,
王京兰
,
李蕾
,
应万涛
,
蔡耘
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2004.01.006
在蛋白质组学研究中,多肽混合物的有效分离对蛋白质鉴定和蛋白质之间相互作用的研究起着决定性的影响.基于此,用反相液相色谱研究了在两个不同长度的色谱柱上分离多肽混合物时色谱柱长度与峰容量的关系,同时考察了梯度洗脱时间对峰容量和峰宽的影响.实验结果表明,色谱柱长度对峰容量有显著的影响,而延长梯度洗脱时间不仅可以增加峰容量,而且可以增加峰宽.这说明用毛细管液相色谱-串联质谱联用方法对多肽混合物进行分离鉴定时,采用较长的色谱柱和较长的梯度洗脱时间有利于对更多的多肽进行分析鉴定.
关键词:
反相液相色谱
,
色谱柱长度
,
峰容量
,
多肽
,
蛋白质组学
孟庆芳
,
张养军
,
王京兰
,
蔡耘
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2005.01.006
继人类基因组计划完成之后,作为一种新的研究策略,蛋白质组学在生命科学研究中发挥着愈来愈重要的作用.由于生物体系的复杂性和多样性,使得分离效率高、灵敏度高、通量高和动态范围宽的分离分析技术平台的研究和应用已成为蛋白质组学研究的重点和热点之一.着重介绍了近年来应用日益广泛的多维色谱预分离、毛细管液相色谱-质谱联用、毛细管电泳及其与质谱联用等高效分离分析技术在复杂生物体系的蛋白质分析中的最新进展.引用相关文献40篇.
关键词:
蛋白质组学
,
多维色谱
,
毛细管液相色谱-质谱
,
毛细管电泳-质谱
,
复杂生物体系
陈刚
,
白泉
,
耿信笃
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2006.05.001
通过对硅胶基质进行化学改性键合伴刀豆球蛋白(Con A),制备了对糖蛋白具有特异亲和作用的亲和色谱固定相;该固定相非特异性吸附弱,对于糖蛋白和糖肽的分离效果良好.对亲和色谱的分离条件进行了优化,以标准糖蛋白核糖核酸酶B(RNase B)为模型,对其进行了纯化;用糖苷酶切除糖链,并对切除糖链前后的RNase B用胰蛋白酶酶解;用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对亲和色谱分离得到的糖蛋白、糖链及糖肽进行了分析,确定了RNase B的一级结构、糖含量、糖基化位点及糖连接方式.该方法快速准确,适于糖蛋白和糖肽的分离表征.将其应用于血清中糖蛋白及酶解后血清中糖肽的分离富集,取得了很好的效果.
关键词:
伴刀豆球蛋白
,
亲和色谱
,
基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱
,
糖蛋白
,
核糖核酸酶B
,
蛋白质组学
隋少卉
,
王京兰
,
卢庄
,
蔡耘
,
张养军
,
蔚文峰
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2008.02.012
为了在短时间内获得相对含量高的磷酸化肽段,以标准磷酸化蛋白质为模型对强阳离子交换色谱(SCX)分离磷酸化肽段体系的缓冲溶液和梯度设置进行了研究,并用酵母酶切肽段混合物考察了该路线在较复杂的样品中的应用.实验结果表明优化后的体系能够在30 min内分离出磷酸肽段,而且非磷酸化肽段的干扰很少,这样便相对提高了磷酸化肽段在质谱仪中的响应强度,重要的是该体系可以对复杂样品进行很好的分离.这说明SCX用于规模化磷酸化肽段富集的策略是可行的.本研究为磷酸化蛋白质组学规模化分析提供了实用技术.
关键词:
磷酸化
,
位点
,
强阳离子交换色谱
,
富集
,
蛋白质组学
李瑛
,
白泉
,
陈刚
,
王骊丽
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2008.03.013
建立了疏水型色谱饼(10 mm×20 mm i.d.)与反相色谱(RPLC)离线二维色谱快速分离制备人血清蛋白质组学样品,并用基体辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)进行检测的方法.以4种标准蛋白质的稀溶液为模型进行分离富集,得到细胞色素c(Cyt-c)与肌红蛋白(Myo)的检出限均为1 pmol/μL,溶菌酶(Lys)和胰岛素(Ins)的检出限为0.1 pmol/μL.将此方法用于人血清蛋白质组学样品的分离与制备,随着血清处理量的增大,质谱可检出的组分数目与信号强度均增加,当血清处理量达到 1.0 mL 时,可检出低丰度蛋白质或多肽285个(相对分子质量均在15 000以下).研究中将1 μg Cyt-c加入到0.5 mL血清中,用上述方法在分离富集低丰度Cyt-c上取得了很好的效果.结果表明,采用疏水型色谱饼与反相色谱联用技术不仅可对血清样品中低丰度蛋白质进行有效的分离和富集,而且一次样品的处理量大,可显著提高低丰度蛋白质的分析、检测水平.
关键词:
二维液相色谱
,
基体辅助激光解吸电离飞行时间质谱
,
色谱饼
,
蛋白质组学
,
人血清
卢庄
,
王京兰
,
贾伟
,
杨兵
,
蔡耘
,
邓玉林
,
张玉奎
,
钱小红
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2009.01.003
蛋白质的糖基化是最重要的翻译后修饰之一,与蛋白质结构和功能的关系密切.凝集素亲和色谱是蛋白质糖基化研究中很常用的工具,不同的凝集素可以对不同的单糖或寡糖有特异的富集作用.麦胚凝集素(WGA)由于其特异作用的糖型广泛存在而成为使用最多的凝集素之一.在本研究中,发现将WGA用于糖肽亲和富集会导致部分肽段的降解,从而导致后续的肽段序列分析的失败.本文用4种标准蛋白质对这种现象进行了验证,结果表明肽段的降解可以发生在多个位点,其中较多地发生在酪氨酸、苯丙氨酸及亮氨酸的羧基端.这一结果提示:在糖蛋白质组研究中,如果应用WGA富集糖肽并采用质谱进行鉴定,则采用半酶切或非特异性酶切的检索策略更为合适.
关键词:
麦胚凝集素亲和色谱
,
糖肽
,
肽键
,
断裂
,
蛋白质组学
