张树荣
,
吴海龙
,
翟敏
,
康超
,
尹小丽
,
俞汝勤
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.03051
从三线性分解算法对液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)多样本测定数据分辨的适用性角度人手,探讨了双线性和三线性分解算法的实际应用效果、存在的问题及其解决方案.本文选择含有低丰度肽段和高干扰背景信号的代表性测定数据进行测试.结果表明,双线性方法不具有分辨唯一性,不能分离LC-MS多样品测定数据存在的背景干扰,从而不适用于低丰度肽段问题的分析.常规的三线性分解算法难以满足质谱信号具有的数学特性——稀疏性,分辨结果并不完全可靠.本文提出了具有非负约束的交替三线性分解(non-negative alternating trilinear decomposition,NNATLD)新算法用于LC-MS多样本测定数据分辨及数学分离,能够很好地适应质谱的数学特性,且具有计算资源节约和收敛速度快等特点.
关键词:
液相色谱-质谱
,
多样本
,
定量蛋白质组学
,
三线性分解
,
非负交替三线性分解
,
算法比较
,
数学分离
周愿
,
单亦初
,
张丽华
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.05007
定量蛋白质组学已经成为后基因时代的重要研究方向之一.目前该领域的研究主要采用无标记定量方法和稳定同位素标记定量法.其中,基于稳定同位素标记的蛋白质组定量方法发展非常迅速,已为生命科学研究提供了重要的技术支撑.本文分析了基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法,包括相对定量方法和绝对定量方法,并对其发展进行了展望.
关键词:
定量蛋白质组学
,
稳定同位素标记
,
相对定量
,
绝对定量
王国娟
,
张锴
,
何锡文
,
张玉奎
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.01008
采用液相色谱-质谱联用技术结合生物信息学分析手段,研究Hela细胞组蛋白H3赖氨酸(Lysine(K))K27和K36位点带有甲基化和二甲基化修饰的多肽鉴定,通过二级质谱碎片解析和二级碎片丰度分析,对组蛋白H3赖氨酸K27和K36上甲基化和二甲基化修饰进行了鉴定和分析.
关键词:
液相色谱
,
质谱
,
组蛋白
,
翻译后修饰
,
定量蛋白质组学
王科云
,
叶明亮
,
邹汉法
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.08023
蛋白质的甲基化修饰是一类重要的翻译后修饰.但与磷酸化、糖基化和泛素化等翻译后修饰相比,甲基化修饰的蛋白质组学分析方法开发还是一个较新的研究领域.近几年,由于甲基化修饰在表观遗传调控中的重要作用,这一修饰类型得到了越来越多的关注,相关的分析技术和分析方法也取得了较多进展.其中,基于质谱的蛋白质组学分析方法在甲基化修饰中发挥着关键的作用,实现了这一甲基化修饰的高通量分析.该综述将从甲基化修饰的分离富集、假阳性率控制以及定量蛋白质组学等方面对一些蛋白质甲基化修饰的分析技术和方法的最新进展进行介绍.
关键词:
蛋白质甲基化修饰
,
选择性富集
,
可信度控制
,
定量蛋白组学
,
综述
